Первыми поселенцами на территории, где расположена современная Ботсвана,  были племена охотников и собирателей, говоривших на койсанских языках. К самым ранним  поселениям на стоянках среди холмов  Цодило (северо-западная часть страны) относятся селения, датируемые XVIII веком  д.н.э. На протяжении нескольких последних веков перед началом новой эры некоторые племена начали заниматься животноводством, используя для этого относительно  плодородные земли вблизи  дельты Окаванго и Макгадикгади.  Найденную глиняную посуду культуры Бамбата, предположительно,  готтентотскую по происхождению, специалисты относят к III веку.

В начале новой эры на территории Южной Африки поселились земледельцы-банту. Их приход ознаменовал собой начало железного века.  Первые из обнаруженных на территории Ботсваны памятники железного века датируются примерно 190 годом. Вероятней всего,  они связаны  с народами банту, проживающими в долине Лимпопо.

Распространение культуры Моритсане, характерной для  юго-востока Ботсваны началось в XII веке. Её носителями стали  племена сото-тсвана, которые входили в состав народов  банту,  но отличались тем, что занимались больше  животноводством, а не земледелием. Эта культура сочетала в себе  черты старой культуры верхнего неолита (Бамбата) и бантускую культуру восточного Трансвааля (Лейденберг). Широкое распространение культуры Моритсане было обусловлено возросшим  влиянием  вождей Кгалагади.

В восточной и центральной части  страны наибольшее влияние имели  вожди народа Тоутсве, активно торговавшие  с восточным побережьем. Спустя некоторое время это образование оказалось под властью  государства Мапунгубве, а затем  — правителей Большого Зимбабве.

В IX веке началось проникновение на северо-запад Ботсваны совсем иных  племён банту, которые стали прародителями современных племён байейи и мбукушу.