Пустыня Калахари представляет собой,  в основном,  опустыненную саванну, которая в сухой период полностью выгорает. Только в тех местах, где подземные воды выходят на поверхность, образовалась  кустарниковая саванна, основной растительностью которой являются  мимозовые акации,  несколько видов алоэ, а также большое количество тыквенных растений. В северной части  есть участки, где произрастают  баобабы и деревья  мерулы,  на которых плоды созревают через каждые  три–четыре года в особенно жаркое  лето. Сок в плодах по мере созревания  начинает бродить, и получается  готовый сосуд с вином. Такие «алкогольные»  плоды очень любят слоны, устраивающие  возле этих деревьев многодневные пиршества.

Вдоль берегов  притоков Замбези небольшими участками растут галерейные тропические леса, а болотистые участки в долине  реки Окаванго и возле озера Макгадикгади покрывают  заросли тростника и папируса.

Животный мир страны невероятно богат и разнообразен. Слоны, зебры, жирафы, антилопы, буйволы, бегемоты, страусы и львы  охраняются в заповедниках и в национальных парках Ботсваны. Самые крупные и известные из них — Сентрал-Калахари и Калахари-Хемсбок, а также Чобе и другие.